Les Missions Etrangères de Paris furent fondées à Paris au 17ème siècle par un groupe de prêtres. L’un d’entre eux, Monseigneur Pallu est généralement considéré comme le Fondateur, mais il n’était pas seul. C’étaient des prêtres zélés et brûlés du désir de prêcher l’Evangile aux non Chrétiens après avoir entendu parler des conversions du Père de Rhodes S.J. au Vietnam.
Leur intention était d’établir un CLERGE LOCAL dans les pays missionnaires tout en convertissant ou créant des communautés. Cet objectif était particulièrement nouveau pour l’Eglise.

Ils étaient tous prêtres séculiers. Ils trouvèrent un soutien total auprès de Rome qui venait juste de fonder en 1622 la Congrégation de Propagation de la Foi. Ils furent nommés « Vicaires Apostoliques », dépendant du Pape lui-même.
Pour diverses raisons, ils partirent en Asie, laissant le reste du monde aux autres. Ils débutèrent en Thaïlande, Siam avant d’atteindre le Vietnam puis la Chine.

Bien entendu, ils n’étaient pas les seuls à prêcher l’Evangile en Asie. Il y avait un grand nombre de missionnaires Jésuites, Dominicains et d’autres encore. En réalité, pendant près de 200 ans, jusqu’en 1850, les MEP n’avaient qu’un nombre modeste de prêtres dispersés dans toute la vaste Asie.

Expulsés du Siam, les Pères Coudé et Garnault arrivèrentn en Malaisie, à Kedah, en 1782 où ils trouvèrent près de 80 catholiques venus du Siam ainsi que de Malacca. A Kuala Kedah, le Sultan mit à leur disposition une grande maison de type malais qu’ils convertirent en une chapelle dédiée à Saint Michel.

En 1786, Francis Light occupa Penang pour le compte de la Compagnie Britannique d’Inde de l’Est. Aussitôt que Penang fut annexée à la Couronne Britannique, le Père Garnault y migra avec les familles catholiques de Kedah.

En 1788, devenu Evêque, fidèle au projet des MEP, Monseigneur Garnault ordonna prêtres deux de ses étudiants du Siam. Il construisit l’église de l’Assomption, la première de Penang.

En 1807, onze séminaristes arrivèrent à Penang en provenance de Chine, cinq de la province du Fukien et six du Setchuan. Ils ouvrirent le Collège Général à Penang dans une maison et s’installèrent à Pulau Tikus en 1809 avec douze séminaristes.

En 1820, le Père J.B. Pasqual, prêtre siamois, s’installa à Pulau Tikus avec un groupe de familles fuyant la guerre Siamo-Birmane. Ils y construisirent une chapelle, la première église de l’Immaculée Conception.

Une poignée de catholiques à Singapour, à la recherche d’un prêtre, durent quant à eux attendre le premier prêtre résident jusqu’en 1832.

Dans le Nord, ainsi qu’autour de Malacca, les prêtres s’occupèrent de leurs petites communautés qui étaient constituées principalement de chinois et d’eurasiens. En 1830, Batu Kawan S.E. de Penang comptaient 100 chinois catholiques dans les plantations de noix de muscade.

Les MEP n’oublièrent pas leur projet de fonder un clergé local et le Collège Général de Pulau Tikus préparait un nombre parfois élevé, parfois plus humble, de séminaristes. Ces derniers provenaient tous de Chine, du Vietnam ou encore d’autres pays d’Asie.
La Malaisie n’était pas un endroit fertile pour les vocations du fait, probablement, que les familles chinoises ou eurasiennes n’étaient pas suffisamment stables. Toutefois, nous trouvons en 1838 la première ordination d’un prêtre local en Malaisie : le Père John Chu. Il deviendra le curé de Singapour.

En 1841, un évêque des MEP est nommé spécialement pour la péninsule malaise comme vicaire indépendant. Il s’appelle Monseigneur N. Courvezy. Il a à sa charge 500 catholiques à Singapour, 2200 à Penang, 290 à Metgui (Côte Birmane) et 2000 à Malacca.

Les Missions Etrangères de Paris tentèrent de prêcher l’Evangile de nombreuses fois dans les îles à l’Ouest de la Malaisie ainsi que dans le Nord de Sumatra, mais sans succès.

Depuis 1846, des efforts sont également faits pour atteindre les aborigènes, en particulier les Mantras près de Malacca à Ayer Salak (Dusum Maria), mais sans succès.

Les missionnaires ouvrirent de petites écoles dans différents endroits tels qu’à Pulau Tikus en 1835 où ils construisirent deux écoles où le malais romanisé était enseigné. Elles furent converties en école anglaise autour de 1848.

En 1852, arrivèrent les premiers Frères de l’Eglise Catholique (six dont trois étaient anglais) ainsi que quatre Sœurs de l’Enfant Jésus. Ils s’installèrent à Penang où trois Frères s’occupèrent de l’école gratuite de Saint Xavier, trois Frères descendirent à Singapour pour prendre en charge l’école de garçons. En 1853, des Sœurs ouvrirent également une école à Singapour.

En 1878, Monseigneur Gasnier avaient 15 missionnaires dans toute la péninsule malaise et Singapour, deux prêtres locaux, 25 catéchistes, 6671 catholiques et 1421 étudiants dans les écoles missionnaires.

De plus en plus de paroisses ouvrirent leurs portes telles que Bukit Mertajam en 1869, Taiping Sacred Heart en 1880, Saint John in Kuala Lumpur in 1883, Began Serai en 1882 et Johor Bahru en 1888.

En 1864, Ayer Salak avait une église, deux écoles avec 35 enfants, mais de nombreux Mantras qui étaient venus s’installer retournaient dans la jungle.

En 1896, il y avait maintenant 32 missionnaires, 41 églises, 57 écoles avec 3346 enfants et 17796 catholiques dans le vicariat.

Les missionnaires s’abstinrent de prêcher l’Evangile aux Malais musulmans et aucun baptême ne fut célébré parmi eux. Il s’agissait d’une politique ferme du gouvernement et ce n’était ni permis ni envisageable. Cette politique est d’ailleurs toujours de vigueur.

Un petit nombre de prêtre locaux furent ordonnés tels que Michael Seet en 1911, Stephen Lee et Randolf de Souza en 1922, Père Cordeiro et Père F. de Silva en 1926. Les vocations étaient encore très restreintes. Mais en 1936, Monseigneur Devals fut nommé Evêque de Malacca et les choses se mirent à bouger plus rapidement.

Les Petites Sœurs des Pauvres, Rédemptoristes, Carmélites, Frères de Saint Gabriel, Sœurs du Bon Berger s’additionnèrent aux Sœurs de l’Enfant Jésus et aux Frères de La Salle .

Les écoles missionnaires devinrent progressivement mieux acceptées par les parents, un excellent moyen d’évangéliser et d’instruire en même temps. Leur influence après la guerre avec les Japonais ne cessa jamais de grimper jusqu’en 1965.

En 1954, la population catholique dans l’archidiocèse s’éleva à 105.000 fidèles avec 44 prêtres locaux, 60 MEP, 6 Jésuites, 6 Rédemptoristes, 160 Frères et 500 Sœurs. 1955 vit la consécration de Monseigneur Dominic Vendargon (KL) et de Monseigneur Francis Chan (Penang). Malacca et Johor n’auront leur propre évêque qu’à partir de 1973 : Monseigneur James Chan.

La transition avec le clergé local est maintenant complétée. En 1997, les MEP n'étaient plus que dix en Malaisie et 14 à Singapour. Ce chiffre vient principalement du fait que l’objectif des MEP de créer un clergé local est accompli, mais aussi du fait que le gouvernement interdit depuis 1957 l’arrivée de missionnaires étrangers. En 2003, seuls restent des MEP sur le sol malais le Père Volle (Assumption Church à Petaling Jaya), le Père Henriot (Good Shepherd’s Church à Kuala Lumpur), le Père Bretodeau (Holy Rosary Church à Kuala Lumpur) et le Père Binet (Malacca).